2011年6月16日，深圳市轨道交通4号线（龙华线）全线开通试运营，港铁轨道交通（深圳）有限公司在4号线龙华车辆段举行了隆重的开通仪式，深圳市市长许勤、香港特别行政区政府政务司司长唐英年出席了仪式并致辞。设计总院王汉军院长出席开通仪式。

深圳市轨道交通4号线（龙华线）是深圳城市轨道交通网络中南北走向的一条骨干线路，南与港铁落马洲站实现无缝对接，往北纵穿福田中心区，经梅林关贯通特区关内外，到达规划中的龙华新城——清湖站。此项目设计工作起始于2004年4月，整个项目设计周期长达7年，设计总院与香港ARUP公司组成设计联合体，承担了本工程的初步设计工作；施工图阶段不设总体，总院与ARUP联合体承担了4个设计标中的3个，包含线路、限界、轨道、车辆段、OCC、机电系统、高架段等。同时，总院还承担了本工程《建设标准》的编制工作。

深圳轨道交通四号线是国内第一条以BOT模式建设的轨道交通线，由港铁轨道交通（深圳）有限公司作为项目业主，其项目管理沿用香港的建设管理模式。在设计过程中，设计总院首次部分采用了《港铁新线设计标准手册》；首次采用“轨道+物业”的发展模式，对沿线规划进行调整，物业开发规划与轨道交通建设同步开展；首次在国内采用“π”型高架三层岛式车站方案，路中只占用10m绿化带，车站建筑全部位于道路上方，节省用地；首次在国内实现轨道交通车站与国铁站房屋顶有机融合、一体化设计，打造综合交通枢纽；其车辆段也是国内目前最集约利用土地的车辆段。

另外，设计总院还作为深圳地铁5号线的工点设计单位，承担了五号线全线供电系统及土建SJ10标段的设计任务，自2007年7月开展工作至今已届四年。期间，受深圳市轨道交通路网规划调整的影响和整体工程实施条件的限制，设计总院做的标段设计难度大、变更次数多，经历诸多磨砺之后，圆满地完成了设计任务，成为全线为数不多的亮点。通过通过这两条线的设计，深圳本地化人员迅速成长，设计和处理问题的能力、经验都有了长足的进步。